Зоологічна експозиція включає опудала птахів, ссавців, земноводних і риб. Також є експозиції комах, черепашок молюсків, черепів ссавців, гнізд і яєць птахів. На базі музею проводяться екскурсії для здобувачів освіти, функціонує зоологічний гурток. Є необхідне обладнання для проведення польових і лабораторних зоологічних досліджень, зокрема, детектори для визначення кажанів, прилад для запису голосів птахів та ін.

Палеонтологічна експозиція включає 384 зразки фауни, ордовицького, силурійського, крейдового та неогенового періодів зібраних у межах НПП «Подільські Товтри». Зразки мають освітню та демонстраційну цінність, серед них 2 вперше описаних: Udovychenkia, Tovarnytskevia sp. Зразки відпрепаровані та досліджені на базі лабораторії прикладної географії та геотуризму, крім того експозиція включає: мінералогічні зразки, зокрема еталонні екземпляри скам’янілих коралів та малиновецьких халцедонів, які обґрунтовуються як регіональні туристичні бренди.